Genom dizileme, bir organizmanın tüm genomunun dizilenmesi ya da sadece belirli DNA bölgelerinin dizilenmesine odaklanılması anlamına gelebilir. Tüm Genom Dizileme Bir organiz...
Genom dizileme, bir organizmanın tüm genomunun dizilenmesi ya da sadece belirli DNA bölgelerinin dizilenmesine odaklanılması anlamına gelebilir.
Tüm Genom Dizileme
Bir organizma genomundaki bütün DNA zincirlerinin dizilenmesi işlemine "tüm genom dizileme" adı verilir. De novo dizileme (‘de novo’ = baştan başlayarak)
Bir organizma türünün genomunun ilk kez dizilenmesi işlemidir. Dolayısıyla elde referans genom bulunmaz.
Genomu, boyutları belli (örneğin 1 m2) bir yapboz olarak düşünürseniz, parçalar küçüldükçe ortada daha fazla parça olacak demektir ve yapbozu tamamlaması da o kadar güçleşecektir. İşte bir genomu (bir türe ait genomu) ilk kez birleştirmek buna benzer.
Genom birleştirmede, kısa ve uzun DNA parçaları dizilenerek, tamamlanmış dizilimde boşluk kalma riski azaltılmaya çalışılır.
Yeniden dizileme
Yeniden dizileme projelerinde, daha önce bir örneğinin genomu dizilenmiş olan bir canlı türünün başka örneklerinin genomları dizilenir. Birleştirme işlemi, eldeki referans genom şablon olarak kullanılabileceğinden, çok daha kolay olur.
Yeniden dizileme çalışmalarının yapılmasının başlıca nedeni, aynı türün üyeleri arasındaki genom farklılıklarını incelemektir.
Hedeflenmiş Genom Dizileme
Hedeflenmiş dizileme, genom içinde ilgilenilen belirli alanlara odaklanılarak, sadece o kısımların dizilenmesi anlamına gelir.
Hedeflenmiş dizilemenin yaygın kullanımlarından biri, tekil nükleotit polimorfizmlerinin (İng.single nucleotide polymorphisms - SNP) aranmasıdır. SNP'ler DNA dizilimindeki tek baz değişimleridir. Aramızdaki genetik varyasyonların en sık karşılaşılan türüdür. Bilimcilerin hastalıklarla ilişkili olan genleri bulmasına yardım edebilirler.
Hedeflenmiş dizileme sırasında, incelenen DNA dizilimi PCR (polimeraz zincir tepkimesi) adı verilen bir işlemle yükseltilir (İng. amplified).
Dizilim yükseltildikten sonra, DNA dizilimi "yüksek girdi-çıktılı dizileme" (İng. high-throughput sequencing) ile dizilenir.
Hedeflenmiş dizileme, dizileme projeleri için gereken maliyeti ve zamanı düşürür. Ayrıca genomun belirli bölgelerinin derinlemesine araştırılmasına olanak tanır.
Eksom Çekme (İng. exome pulldown)
Eksom, genomun eksonlardan (İng. exon) oluşan bölümüdür.
Genler insan genomunun %2'sinden azını oluşturur. Dolayısıyla araştırmacılar kimi zaman sadece genlerin (eksomun) dizilenmesine odaklanır.
Eksom, bedenimizdeki proteinlerin yapılması için gereken tüm yönergeleri içerir.
Eksom dizilemenin, genomun çok küçük bir kısmına bakmak olması gerçeğine bağlı olarak, yöntem DNA'nın hastalıklarla ilişkili olma olasılığı yüksek bölümlerine, genlere odaklanmasını sağlar.
Eksom dizileme, tüm genom dizilemeden daha çabuk ve daha ucuz bir işlemdir.
Eksom çekme sırasında, ilgilenilen DNA dizilimlerini çekmek için manyetik boncuklar kullanılır. (Telif: Genome Research Limited)
