DNA Dizilemede Illumina Yöntemi Nedir?

Illumina dizileme, çok sayıda genomu dizilemek için kullanılmış ve hastalıkların anlaşılması amacıyla DNA dizilimlerinin karşılaştırılmasını sağlamıştır. Yüksek doğruluklu milyonlarca okuma üreten Ill..
Görsel Telif:

Illumina dizileme, çok sayıda genomu dizilemek için kullanılmış ve hastalıkların anlaşılması amacıyla DNA dizilimlerinin karşılaştırılmasını sağlamıştır.
Yüksek doğruluklu milyonlarca okuma üreten Illumina dizileme yöntemi, diğer yöntemlere kıyasla hızlı ve ucuzdur.

Illumina DNA Dizileme Nasıl İşliyor?

  • Bu dizileme tekniğinde ilk adım, DNA’yı daha kolay ele alınabilecek olan 200 ilâ 600 bazlık parçalara bölmektir.
  • Uyumlayıcılar (İng. adaptors) adı verilen kısa DNA dizilimleri, bu DNA parçalarına iliştirilir.
  • Uyumlayıcılara tutturulan DNA parçaları, daha sonra tek iplikli hâle getirilir. Bunu sağlamak için parçalar sodyum hidroksite yatırılır.
  • Hazır olunca, DNA parçaları akış küvetinde yıkanır. Bütünleyici DNA, akış küvetinin yüzeyindeki primerlere bağlanır ve bağlanmayan DNA’lar yıkanıp gider.
  • Akış küvetine bağlı kalan DNA, daha sonra aynı dizilime sahip küçük DNA öbekleri oluşturacak biçimde kopyalanır. Dizilendiklerinde, DNA moleküllerinden oluşan her öbek, kamera ile algılanabilecek güçte bir sinyal yayar.
  • Etiketlenmemiş nüklotit bazları ve DNA polimeraz eklenir ve akış küvetine bağlı DNA ipliklerine bağlanırlar. Böylece akış küvetinin yüzeyindeki primerler arasında çift sarmallı DNA “köprüleri” oluşur.
  • Ardından çift sarmallı DNA, ısı yardımıyla tek iplikli DNA’ya parçalanır ve milyonlarca özdeş DNA dizilimi öbekleri bırakır.
  • Primerler (başlatıcılar) ve flüoresan etiketli terminatörler (sonlandırıcılar) akış küvetine eklenir. Terminatörler, DNA sentezini durduran nükleotit baz çeşitleridir.
  • Primer, dizilenecek DNA’ya bağlanır.
  • Sonra DNA polimeraz primere bağlanır ve ilk flüoresan etiketli terminatörü yeni DNA ipliğine ekler. Bir baz eklenir eklenmez, terminatör baz DNA’dan kesilip atılana dek, DNA ipliğine başka baz eklenemez.
  • Nükleotit baz üstündeki fluoresan etiketi etkinleştirmek için akış küvetine lazer tutulur. Flüoresan kamera ile algılanır ve bilgisayara kaydedilir. Sonlandırıcı bazların her biri (Adenin, Guanin, Sitozin, Timin) farklı bir renk verir.
  • Fluoresan etiketli sonlandırıcı grup, daha sonra ilk bazdan sökülür ve bir sonraki flüoresan etiketli sonlandırıcı bazın eklenebilmesi sağlanır. Bu işlem, milyonlarca öbek dizilenene dek sürdürülür.
  • DNA dizilimi, Illumina dizileme sırasında her seferinde bir baz şeklinde çözümlenir. Bu da yöntemin yüksek doğruluklu olmasını sağlar. Üretilen dizilim daha sonra referans dizilime göre hizalanır ve benzerlikler ile farklılıklar karşılaştırılır.

Sanger Enstitüsü’nde bulunan Illumina dizileme makineleri, 2009. Telif: Genome Research Limited


Kaynak: YourGenome
<http://www.yourgenome.org/facts/what-is-the-illumina-method-of-dna-sequencing>


Bu içerik BilimFili.com yazarı tarafından oluşturulmuştur. BilimFili.com`un belirtmiş olduğu “Kullanım İzinleri”ne bağlı kalmak kaydıyla kullanabilirsiniz.

Etiket
  • Projelerimizde bize destek olmak ister misiniz?
  • Dilediğiniz miktarda aylık veya tek seferlik bağış yapabilirsiniz.
  • Destek Ol
Yorum Yap (0 )

Yorum yapabilmek için giriş yapmalısınız.

Bunlar da ilginizi çekebilir

Bağış Yap, Destek Ol!
Projelerimizde bize destek olmak isterseniz,
Patreon üzerinden
bütçenizi zorlamayacak şekilde aylık veya tek seferlik bağışta bulunabilirsiniz.
E-Bülten Üyeliği
Duyurulardan e-posta ile
haberdar olmak istiyorum.
Reklam Reklam Ver
Arşiv