Yazım Faktörlerinin Özellikleri, Mitotik Kromozoma Bağlanışlarından Öngörülebiliyor

Yazım (transkripsiyon) faktörleri, protein üretiminin ilk adımı olan gen yazımını (geni oluşturan DNA nükleotit diziliminin, RNA polimeraz enzimi tarafından bir RNA dizilimi olarak kopyalanmasını) düz..
Görsel Telif: David Suter/EPFL

Yazım (transkripsiyon) faktörleri, protein üretiminin ilk adımı olan gen yazımını (geni oluşturan DNA nükleotit diziliminin, RNA polimeraz enzimi tarafından bir RNA dizilimi olarak kopyalanmasını) düzenleyen proteinlerdir. Yazım faktörlerinin işleyişi, tüm genomu aramak ve genleri düzenleyen belirli bölgelere bağlanarak, genleri açmak veya kapamak şeklindedir. Yazım faktörlerinin belirli DNA dizilimlerine bağlanmakla kalmayıp, spesifik olmayan herhangi bir DNA parçasına da bağlanabildikleri biliniyordu. Bu spesifik olmayan kenetlenme, yazım faktörlerinin DNA boyunca kaymalarını sağlayarak, kendi belirli hedef bölgelerini bulma becerilerini önemli ölçüde artırır. Bununla birlikte, 1.500’den fazla sayıdaki insan yazım faktörünün devasa genomu tarama ve belirli bölgeleri bulup bağlanma verimlerinin nasıl değiştiği anlaşılabilmiş değildi.

Bir süre önce, Lozan Eyalet Politeknik Okulu’nun Biyo-mühendislik Enstitüsü’nden David Suter’in laboratuvarı, yazım öğelerinin verimini öngörmenin bir yolunu buldu. Farelerde bulunan 501 tane yazım faktörünü mercek altına alan ekip, bunların “mitotik” kromozomlara nasıl bağlandıklarını (yazın faktörlerinin DNA’ya spesifik olmayan biçimde kenetlenme becerileri ile ilişkilendirilen bir özelliktir) inceledi.

Işıkla beyazlatma (İng. photobleaching) deneyleri ve tek molekül görüntüleme kullanarak, bilimciler yazım faktörlerinin çekirdekteki hareketlerinin ve bağlanma bölgelerini bulma verimlerinin, mitotik kromozom bağlanma ile öngörülebileceğini keşfetti. Bu deneyleri, tüm genomda yazım faktörü haritalama ile birleştiren ekip, farklı yazım faktörlerinin spesifik bölgelerini bulma becerilerinin, üç büyüklük mertebesine kadar değişkenlik gösterebildiğini gördü.

Mitotik kromozomlarla ilişkilendirilen spesifik olmayan DNA’ya bağlanma özellikleri güçlü olan yazım faktörleri, çekirdekte yavaş ilerliyor ve gen ifadesini düzenlemek için bağlanmaları gereken spesifik dizilimleri bulmada oldukça verimli oluyorlar.

“Yazım öğelerinin, kendi belirli bağlanma bölgelerini bulmak için genomu tarama becerileri epeyce değişkenlik gösteriyor ve aralarındaki farklılıklar, mitotik kromozomlara ne kadar bağlandıklarına bakarak öngörülebiliyor. Genomu aramada en verimli olan yazım öğeleri, düşük derişimlerde ifade edildiğinde bile gen ifadesi şablonlarında geniş çaplı değişiklikler tetikleyebilir ve dolayısıyla hücre yazgısı kararı süreçlerinde özellikle önemli olabilir,” diyor Suter.

Kaynak ve İleri Okuma

Etiket
  • Projelerimizde bize destek olmak ister misiniz?
  • Dilediğiniz miktarda aylık veya tek seferlik bağış yapabilirsiniz.
  • Destek Ol
Yorum Yap (0 )

Yorum yapabilmek için giriş yapmalısınız.

Bunlar da ilginizi çekebilir

Bağış Yap, Destek Ol!
Projelerimizde bize destek olmak isterseniz,
Patreon üzerinden
bütçenizi zorlamayacak şekilde aylık veya tek seferlik bağışta bulunabilirsiniz.
E-Bülten Üyeliği
Duyurulardan e-posta ile
haberdar olmak istiyorum.
Reklam Reklam Ver
Arşiv