Tek Hücre İçinde DNA Mutasyonu Saptayabilen Program Geliştirildi

Yeni geliştirilen karmaşık bir bilgisayar programı, tek bir kanser hücresi içindeki DNA mutasyonlarını belirleyebiliyor. Duyarlılığın bu denli yükselmesiyle birlikte, doktorların hastalığı teşhisinde ..
Görsel Telif: pkul / Shutterstock

Yeni geliştirilen karmaşık bir bilgisayar programı, tek bir kanser hücresi içindeki DNA mutasyonlarını belirleyebiliyor. Duyarlılığın bu denli yükselmesiyle birlikte, doktorların hastalığı teşhisinde muhtemelen çığır açıcı gelişmeler olacak. Ayrıca tedavi sürecindeki kullanılan kemoterapi ve radyoterapi gibi sıkıntılı yöntemler yerine, kişiye özel ve sıkıntısız yöntemler ortaya çıkabilir.

Şu anda varolan “yeni nesil dizilim” (NGS [İng. next-generation sequencing]) teknikler, milyonlarca hücreden elde edilen genomları ölçerken, Monovar yöntemi olarak adlandırılan yeni program, doku örnekleri içindeki (normalde tüm o gürültü içinde kaybolan) önemli varyasyonları bulabiliyor.

Monovar, tek hücre dizilimi (SCS [İng. single cell sequencing]) olarak bilinen bir teknolojiyi temel alıyor. Bu teknoloji kanser araştırmalarının yanısıra nörobiyoloji, mikrobiyoloji ve immunolojide de kullanılıyor. Daha yeni SCS yöntemleri, milyonlarca hücre yerine tekil hücrelerden genom verisi çekiyor.

Monovar bu yeni veriyi alıp, hücreleri birbirleriyle kıyaslayabiliyor. Böylece yüksek bir doğrulukla anomalileri saptayabiliyor. SCS’den farklı olarak Monovar, tekil nükleotid varyantları (SNV [İng. single nucleotide variant]) denilen çok ince DNA varyasyonlarını da belirleme yetisine sahip. Bu da belli tip kanserlerin teşhisinde çok işe yarayabilir.

“Monovar’ın algoritması istatistiksel analizler üzerine kurulu. Sistem çok sayıda tekil hücreden veri alıp, SNV’leri keşfediyor ve herbiri hakkında çok ayrıntılı genetik veri sağlayabiliyor,” diyor ekip üyelerinden Texas Üniversitesi MD Anderson Kanser Merkezi’nde çalışan Nicholas Navin. Çalışma sonuçlarını Nature Methods dergisinde yayımladıkları makale ile duyuran araştırmacılar, SNV’lerin doğru tespitinin hasta bakımı açısından kritik olduğunu ifade ediyor. Bunun nedeni, kişinin bir hastalığı nasıl geliştirdiği ve ilaçlara ya da aşılara nasıl tepki verdiği üzerinde doğrudan etkide bulunabilmesinden kaynaklanıyor. Kişiye özel ilaç ve tedavi yöntemlerinin geliştirilmesinde, bu moleküler varyantlar kilit rol oynuyor.

İlgili Yazılım: MonoVar < https://bitbucket.org/hamimzafar/monovar >

Kaynak ve İleri Okuma

Etiket
  • Projelerimizde bize destek olmak ister misiniz?
  • Dilediğiniz miktarda aylık veya tek seferlik bağış yapabilirsiniz.
  • Destek Ol
Yorum Yap (0 )

Yorum yapabilmek için giriş yapmalısınız.

Bunlar da ilginizi çekebilir

Bağış Yap, Destek Ol!
Projelerimizde bize destek olmak isterseniz,
Patreon üzerinden
bütçenizi zorlamayacak şekilde aylık veya tek seferlik bağışta bulunabilirsiniz.
E-Bülten Üyeliği
Duyurulardan e-posta ile
haberdar olmak istiyorum.
Reklam Reklam Ver
Arşiv