Meraklısına Doku-bazlı İnsan Proteom Haritası

[su_spacer] Kapak Görseli: Dokular tarafından ekspresyonu zenginleştirilmiş proteinler 13 doku ve doku grubu için, hücre içerisindeki tahmin edilen lokasyonuna göre sıralanmış şekilde gösterilmekte. Z..
Görsel Telif:

[su_spacer]

Kapak Görseli: Dokular tarafından ekspresyonu zenginleştirilmiş proteinler 13 doku ve doku grubu için, hücre içerisindeki tahmin edilen lokasyonuna göre sıralanmış şekilde gösterilmekte. Zenginleştirilmiş proteinler genel olarak testiste hücre içinde, beyin ve böbrekte hücre zarına bağlı olarak ve pankreas ve karaciğerin salgıları içerisinde bulunmakta. 

Proteom , bir canlının bünyesinde, bir dokusunda veya bir organında bulundurduğu tüm proteinlere denir. Genetik farklılıklarımızdan dolayı da bireyler arasında farklılık gösterir. İnsan vücudunun çeşitli doku ve organlardaki proteom çeşitliliğinin moleküler detaylarının çözümlenmesiyle, insan hastalıkları ve insan biyolojisiyle ilgili bilgilerimiz katlanıyor. Araştırma dahilinde yayımlanan insan doku proteom haritası, bir doku veya bir organ seviyesindeki niceliksel transkriptomiks ile mikrodizi-temelli immünohistokimya (microarray-based immunohistochemistry) ile yapılan protein profillemeye dayanarak hazırlandı. Burada amaç proteinlerin tek hücre seviyesindeki uzamsal lokasyonlarını saptamak.. Araştırmada hücre dışına salgılanan ve hücre zarı üzerinde bulunan proteinlerin küresel analizleri ile kanser tedavisinde kullanılan ilaç veya proteinler ile hedeflenen tüm proteinlerin sentezlenme (expression ) profilleri analizleri yapıldı.

Araştırmada insan vücuduna ait 44 ayrı doku ve organdaki ;  16.975 protein-kodlayan gen tarafından karşılanan 24.028 antibadiye ( bir proteine bağlanmasıyla bilinen bir başka protein ) bağlı yapılan analizler ile 32 ayrı dokunun RNA-sekanslama (nükleotit dizilerini belirleme ) verileri bir araya getirildi. Antibadiler ile toplamda 13 milyon doku-bazlı immünohistokimya görüntüsü elde edildi ve bu görüntüler patolojistler (hastalık bilimci) tarafından karşılaştırıldı.

doku-bazli-insan-proteom-haritasi-bilimfilicom

Bilinen protein kodlayan genlerin %90’ından fazlasını kapsayacak şekilde yapılan, RNA ve protein ekspresyonunun doku spesifitesinin genom düzeyi analizi raporlandı ve bu sonuçlar salgılanan proteinler, hücre zarı proteinleri gibi birçok proteozom alt grubunun analizi ile birbirini tamamlayıcı nitelikteydi. Analiz sonuçları tüm genlerin neredeyse yarısının analiz edilen tüm dokularda ekspres edildiğini ve bu genlerin ürünleri olan proteinlerin hücre büyümesi, enerji üretimi, temel metabolizma gibi yaşamsal faaliyetlerde görev aldığını göstermekteydi. Dahası, tüm metabolik enzimlerin % 60’ı analiz edilen tüm dokularda yer aldığından, bu genler arasında zenginleştirilmiş metabolizma da görülmekteydi.

Gen zenginleşmesinin en çok görüldüğü doku testiste bulunmaktayken, testisi beyin ve karaciğer takip etmekteydi. Klinik olarak onaylanmış ilaçlar ile hedef alınmış 618 proteinin analizi ise bu genlerin % 30’unun analiz edilen tüm dokularda ekspres edildiğini gösterdi. Genom çapı metabolik modele dayanarak yapılan metabolik aktivite analizi, karaciğerin metabolizma açısından en aktif doku olduğunu ve onu sırasıyla adipoz doku ve çizgili kasın takip ettiğini ortaya çıkardı.Farklı dokulardaki ekspresyonu artırılmış proteinlerin kapsamlı listesi, farklı doku ve organların alt birimleri ve hatta hücrelerindeki protein lokalizasyonu için konumsal bir düzlem sunabilmek için bir araya getirildi.

Referans : 

Mathias Uhlén,Linn Fagerberg,Björn M. Hallström,Cecilia Lindskog,Per Oksvold,Adil Mardinoglu,Åsa Sivertsson,Caroline Kampf,Evelina Sjöstedt,Anna Asplund,IngMarie Olsson,Karolina Edlund,Emma Lundberg,Sanjay Navani,Cristina Al-Khalili Szigyarto,Jacob Odeberg,Dijana Djureinovic,Jenny Ottosson Takanen,Sophia Hober,Tove Alm,Per-Henrik Edqvist,Holger Berling,Hanna Tegel,Jan Mulder,Johan Rockberg,Peter Nilsson,Jochen M. Schwenk,Marica Hamsten,Kalle von Feilitzen,Mattias Forsberg,Lukas Persson,Fredric Johansson,Martin Zwahlen,Gunnar von Heijne,Jens Nielsen,and Fredrik Pontén  ; 23 January 2015:Tissue-based map of the human proteome ,1260419 [DOI:10.1126/science.1260419]

[su_spacer]

Etiket
  • Projelerimizde bize destek olmak ister misiniz?
  • Dilediğiniz miktarda aylık veya tek seferlik bağış yapabilirsiniz.
  • Destek Ol
Yorum Yap (0 )

Yorum yapabilmek için giriş yapmalısınız.

Bunlar da ilginizi çekebilir

Bağış Yap, Destek Ol!
Projelerimizde bize destek olmak isterseniz,
Patreon üzerinden
bütçenizi zorlamayacak şekilde aylık veya tek seferlik bağışta bulunabilirsiniz.
E-Bülten Üyeliği
Duyurulardan e-posta ile
haberdar olmak istiyorum.
Reklam Reklam Ver
Arşiv