Bilim insanları daha önce bir anlamda görmezden gelinmiş olan veya göz ardı edilmiş ve aslında son derece nadir olan  binlerce mutasyonun kanser gelişimi ve kanserli dokunun büyümesi ile ilişkili olabileceğini gösterdi. Bu verilerin ortaya çıkmasını sağlayan istatistiksel meta-analiz PLOS Computational Biology'de yayımlandı ve elde dilen bilgilerin birçok yeni tedavi ve ilaç geliştirilmesinde kısa zaman içinde kullanılmaya başlayacağı düşünülüyor.

Kanser, bir hücre DNA'sındaki mutasyonların, bu hücrenin ölmeden kontrolsüz biçimde büyüyüp bölünerek bir tümör oluşturması ile ortaya çıkar diyebiliriz. Bu genel ve temel tanım üzerinden kanser ilaçlarının da birçoğunun, tümör hücrelerindeki genel formuna göre mutant olan proteinleri hedeflediğini belirtebiliriz. Ne var ki, bugüne kadar bahsi geçen bu mutasyonların yalnızca çok küçük bir kısmının kanser ile önemli ilişkisi olduğu tespit edilebilmiş ve belirlenmişti.

University of Maryland'den Thomas Peterson ve araştırma ekibi yeni bir istatistiksel meta analiz yaklaşımı geliştirip uygulayarak, kanser hastalarından elde edilen genetik veri üzerinden kansere sebep olan veya olma ihtimali olan tüm genleri tespit etmeye çalıştı.

Daha önce sürdürülen birçok çalışma tek bir genin mutasyonlarına ve her seferinde çoğunlukla bir veya birkaç gene odaklandığı için, bu yeni yaklaşım kanser mutasyonları hakkındaki bilgimizde şaşırtıcı bir sıçrama yaşamamıza sebep oldu. Aynı zamanda, araştırmada ilişkili protein ailelerinin üyelerinde de benzer mutasyonların olabileceği ve bu sayının toplamda binleri bulabileceği ortaya koyuldu.

Özellikle, yeni metodun proteinlerin alt birimlerindeki (protein domainleri) mutasyonlara odaklanıyor olması, farklı genler tarafından kodlansalar dahi farklı proteinler aynı domainleri içerebileceğinden araştırma kansere sebep olan mutasyonlarla ilgili çok daha genel geçer bilgiler elde edilmesini sağlıyor. Bu yeni strateji var olan protein, protein yapısı ve protein parçalarının kanserli mutasyonları barındırma ve bulundurma ihtimali yüksek olan kısımları ile ilgili bilgilerin üzerine kuruldu ve doğruluk derecesi yüksek sonuçlar üretilmesini sağladı.

Bu yeni yaklaşımı kullanarak, araştırmacılar binlerce nadir rastlanan mutasyon, farklı tümörlerde bulunan diğer proteinlerin aynı domain lokasyonlarında bulunabildiğini ve kanser ile bağıntılı olduğunu gösterdi.

Çalışmanın baş yazarı Maricel Kann'a göre, belki de iki kanser hastasının belirli bir proteindeki mutasyondan muzdarip olmasından dolayı bu sonuçlar elde edilmiş olabilirdi. Ancak Kann, mutasyonların iki farklı proteinde de aynı noktada olduğunu gördükleri anda, araştırmacıların kanser hastalarının diğer mutant proteinlerindeki aynı domainin üzerinde aynı bölgede olan mutasyonların kanser ile ilişkili olduğu noktasında artık fazla şüpheleri kalmadığını belirtiyor.

Onkodomain terimini geliştirerek, bahsi geçen ortak mutasyonları aynı noktalarda barındıran protein parçalarını tanımlayan araştırmacılar, bu bölgelerin aynı zamanda kansere sebep olan mutasyonları da daha fazla bulundurma ihtimali olan bölgeler olduklarını ortaya koydu.

---

Makale Referans: Thomas A. Peterson, Iris Ivy M. Gauran, Junyong Park, DoHwan Park, Maricel G. Kann. Oncodomains: A protein domain-centric framework for analyzing rare variants in tumor samples. PLOS Computational Biology, 2017; 13 (4): e1005428 DOI: 10.1371/journal.pcbi.1005428

---